- A análise cromossômica microarray (CMA), também chamado de array, é um teste diagnóstico que pode detectar grandes desequilíbrios cromossômicos clinicamente significativos (aneuploidias) e variações de número de cópias submicroscópicas (microdeleção / microduplicação) em todo o genoma.
- A análise de microarranjos cromossômicos é o padrão ouro para a detecção de deleções e duplicações ao longo de todo o genoma.
- O CMA fornece resolução submicroscópica que permite visualizar pequenas regiões que o cariótipo não consegue detectar. A sensibilidade do CMA depende do número de sondas moleculares usadas e de sua cobertura do genoma. Quanto maior o número de sondas (160K, 750K, HD e XON array), maior será sua sensibilidade.
Visão Geral
CMA pode detectar:
- Pequenas microdeleções e duplicações cromossômicas
- Variações de copy number
- Aneuploidia cromossômica numérica
- Rearranjos desequilibrados
- Excessiva homozigotia – dependente da plataforma
- Risco sugestivo de doença hereditária recessiva ou distúrbios de imprinting – dependente de plataforma
- Triploidia e tetraploidia – dependente da plataforma
- Mosaicismo maior que 20-30%
Pré-concepção
CMA pode ser oferecido durante a fase de pré-concepção, ou seja, antes da gestação:
- Se uma criança afetada anterior apresentar um cariótipo ou Exoma normal, mas persistir a suspeita de uma condição genética.
- Para verificar se uma variação do número de cópias detectada na criança afetada é “de novo” ou herdada de seus pais.
Analisar o cariótipo em ambos os pais é sempre recomendado quando há suspeita de um rearranjo equilibrado cromossômico, como por exemplo em casos de abortos espontâneos recorrentes e infertilidade.
Pré-natal
CMA é indicado no pre-natal nos seguintes casos:
- Alterações detectadas no ultrassom morfológico fetal
- Resultado positivo no NIPT / NACE para um risco almentado de alteração cromossômica no feto.
- Risco aumentado de alteração detectada na triagem pré-natal bioquímica.
- Progenitor com translocação recíproca, mosaicismo ou aneuploidias fetais anteriores.
- Alterações congênitas fetais detectadas com ultrassom ou ressonância magnética que indicam um risco significativo de uma alteração cromossômica desequilibrada.
- Rearranjos hereditários aparentemente equilibrados em feto com anomalias congênitas.
- Rearranjos “de novo” aparentemente balanceados identificados no cariótipo de banda G.
- Gestações de alto risco.
Neo natal
CMA pode ser indicado na infância ou fase adulta se uma ou mais das indicações abaixo estiverem presentes – o CGH array pode ser considerado como um teste de primeira linha:
- Múltiplas anomalias congênitas em indivíduo ou feto que não são específicas de uma síndrome genética bem identificada.
- Resultado negativo em cariótipo de Banda G, mas fenótipo do indivíduo indicar uma alteração cromossômica.
- Indivíduo ou feto apresentar atraso de desenvolvimento aparentemente não sindrômico ou deficiência intelectual.
- Transtorno do espectro do autismo.
- Malformação fetal ou natimorto de etiologia desconhecida.
O CMA pode ser usado nos casos em que outros testes não conseguiram produzir um diagnóstico específico e se um ou mais dos sintomas ou condições abaixo estiverem presentes:
- Distúrbio convulsivo inexplicável
- Atraso no crescimento
- Doença psiquiátrica
- Condições Neuromusculares
- Displasia esquelética
- Estatura baixa
- Crescimento excessivo
- Microcefalia
- Macrocefalia
Perda gestacional
- CMA pode ser oferecido para a análise de produtos de concepção em casos de abortamento espontâneo.
CMA Laudo & Resultados
Diferentes tipos de CMA estão disponíveis na Igenomix:
CMA HD (mais sensível)
- Sondas de número de cópias (1,9 milhões) + SNP (750 K).
- Cobertura do genoma completo.
- Pode detectar regiões de baixa heterozigosidade, dissomia uniparental (UPD), baixo nível de mosaicismo e heterogeneidade da amostra.
- Sonda de maior densidade.
CMA 750K (melhor custo-benefício)
- Sonda com número de cópias compacto (550K) + SNP (200 K)
- Ênfase nas regiões clinicamente relevantes
- A identificação de regiões de homozigose excessiva indicando UPD, pode sugerir consanguinidade e determinar genes candidatos para testes adicionais
Requisitos de Amostras
Uma rotulagem incorreta pode levar à rejeição da amostra. As informações mínimas necessárias para identificar e aceitar uma amostra são: nome completo do paciente, data de nascimento, sexo e número do prontuário médico.
- A amostra de sangue materno deve ser enviada com amostras de todos os produtos da concepção, CVS e Amnio.
- Será dada precedência para todas as amostras pré-natais.
O formulário de ‘consentimento informado’ e a ‘requisição de teste’ (incluída no kit fornecido e disponível em instruções para envio de amostra) devem ser devidamente preenchidos e assinados pelo paciente e enviados com as amostras dentro da caixa de transporte ou por e-mail para o laboratório. A Igenomix disponibiliza todos documentos necessários para a coleta e transporte do kit apropriado para o nosso laboratório.
Metodologia
Deleções menores que 50 kb e duplicações menores que 400 kb não podem ser analisadas. As variações detectadas do número de cópias (CNVs) são relatadas quando consideradas como tendo relevância clínica clara ou suspeita; CNVs desprovidos de conteúdo genético relevante ou relatados como achados comuns na população em geral podem não ser relatados. Regiões de homozigosidade são relatadas quando um único LCSH é maior que 8-15 Mb (dependente da localização cromossômica e da probabilidade de distúrbio de impressão), ou quando a proporção de LCSH autossômica total é maior que 3% (apenas LCSH autossômico maior que 3 Mb são considerados para esta estimativa). As posições lineares genômicas são fornecidas em relação ao NCBI build 37 (hg19).
Os resultados dos testes são interpretados com base nas recomendações e diretrizes da International Standard of Cytogenomics Arrays (ISCA) conforme descrição:
Positivo (Patogênico ou provavelmente patogênico):
- Um resultado positivo indica que uma variante do número de cópias foi identificada em associação com o fenótipo da doença em estudo. Este cenário permitirá fornecer aconselhamento genético ou orientação pessoal sobre possíveis tratamentos médicos, progressão da doença, estratégias reprodutivas / de prevenção e potenciais implicações para outros membros da família.
Negativo:
- Um resultado negativo indica que nenhuma variação do número de cópias causadora de doenças foi identificada no teste realizado. Isso não garante que o indivíduo seja saudável ou livre de outras doenças genéticas ou condições médicas. Além disso, um resultado negativo não descarta uma causa genética da doença nem elimina o risco para futuros descendentes. No entanto, se um resultado de teste negativo for obtido e a variante em questão for conhecida por estar presente em membros da família afetados, isso exclui o diagnóstico dessa doença genética no paciente. Um resultado negativo pode ser explicado por várias causas, incluindo conhecimento genético limitado e limitações associadas à metodologia utilizada.
Inconclusivo / Variante de Significado Incerto (VUS):
- Um achado de uma variante de significância incerta indica que uma variação no número de cópias foi detectada, mas atualmente não se sabe se essa CNV está associada a um distúrbio ou doença genética. Uma variante de significado incerto não é o mesmo que um resultado positivo e não esclarece se o paciente tem um risco aumentado de desenvolver uma doença ou distúrbio genético.
- A alteração pode ser uma variante genética normal ou pode ser causadora de doenças. Uma análise mais aprofundada pode ser indicada, incluindo o teste de ambos os pais, bem como outros membros da família afetados e não afetados. Às vezes, a realização de testes auxiliares é necessária para provar o fenótipo que o paciente apresenta. Registros médicos detalhados ou informações de outros membros da família também podem ser necessários para ajudar a esclarecer o resultado.
- A interpretação dos resultados é baseada nas informações atualmente disponíveis na literatura médica, pesquisas e bancos de dados científicos. Como a literatura e o conhecimento médico e científico avançam constantemente, novas informações que se tornem disponíveis no futuro podem substituir ou adicionar informações que a Igenomix usou para interpretar os resultados. A reanálise dos resultados em relatórios emitidos anteriormente considerando novas evidências não é realizada rotineiramente, mas está disponível mediante solicitação.
Limitações
- CMA não identifica:
- Rearranjos cromossômicos balanceados (translocações balanceadas, inversões)
- Pequenas mudanças na sequência de genes únicos (mutações pontuais)
- Pequenas duplicações e deleções de segmentos de DNA dentro de um único gene (síndrome do X frágil, por exemplo).
- Dissomia Uniparental (UPD)
- Alterações de metilação
- Mosaicismo inferior a 20%
- Ploidia completas