CGT Painel de Portadores ou Sequenciamento Completo do Exoma. O que é melhor?

Diversos testes genéticos prometem identificar nos futuros pais o risco de doenças hereditárias antes da gravidez, mas as opções são muitas e as dúvidas também:

• Será que preciso fazer um teste genético para o planejamento familiar?
• Qual é o melhor para mim?
• Qual teste cobre a maior gama de doenças?
• Em que profundidade e com que precisão é feito este estudo?
• O que fazer se na minha família alguém tem uma doença genética?
• Se fizer um planejamento estou 100% livre do risco de ter um bebê afetado por qualquer doença genética?

Quando os progenitores não são afetados por uma doença, mas querem conhecer o risco genético de seus futuros filhos, existem 2 métodos:

• CGT – Painel de Portadores, que quando realizado pelo casal possibilita a análise da compatibilidade genética para identificar se no DNA dos progenitores existem mutações genéticas em comum que elevam o risco de doenças nos descendentes a 25%, mesmo quando os pais são saudáveis. Existem diferentes opções de CGT, desde a análise de poucas doenças até uma lista completa de doenças de herança recessiva catalogadas.
• WES Screening, que é o sequenciamento completo do Exoma, que identifica e informa as variantes associadas a um potencial risco de doença. A diferença em relação a um Exoma clínico é que no caso do Screening, não são rastreadas doenças dominantes, apenas mutações gênicas de origem recessivas e ligadas ao cromossomo X e que não causam nos portadores a doença em si.

Qual é a diferença entre CGT Exome, WES Screening e WES Diagnóstico?

A diferença esta em que:

• CGT Exome é o sequencimento completo do exoma, porém com a análise de um painel de variantes pré-determinadas, uma lista fechada de genes e suas mutações.
• WES Screening também é o sequencimaneto do exoma, porém com uma análise aberta com base no OMIN (Online Mendelian Inheritance in Man) e com eventuais atualizações da mesma base, focando apenas no rastreamento de mutações recessivas e ligadas ao cromossomo X.

Ambos CGT Exome e WES Screening são testes genéticos para indivíduos saudáveis que querem identificar o risco de terem descendentes afetados por doenças autossômicas recessivas.

• WES Diagnóstico, também conhecido como Exoma Diagnóstico, é um recurso para o diagnóstico clínico de um indivíduo afetado por uma doença. Em ocasiões o Exoma, além de estudar o DNA do afetado, também inclui os progenitores para chegar ao diagnóstico e compor o caso da família.

Outro detalhe importante é que o CGT Exome é um painel genético universal compatível com outros painéis do mercado, ideal para ser utilizado quando uma pessoa já possui um Painel de Portador realizado, independente do laboratório. Por exemplo, para a seleção de doadores que realizaram um painel que já não existe ou não está disponível no Brasil. Já quando falamos no WES screening podemos considerar como um dos painéis mais completos do mercado já que não tem limitação na detecção de nenhuma variante conhecida e acaba realizando o sequenciamneto completo de todos os genes. Mas, claro, como aqui estamos tratando de um Painel, só vamos analisar alterações que sejam recessivas e ligadas ao cromossomo X com base no OMIM. O que possibilita que esse seja o painel mais indicado para por exemplo, casais consanguíneos, já que podemos realizar uma varredura completa.

Como foi desenvolvido o CGT Exome?

As pesquisas científicas na área de genética identificaram o genoma completo do ser humano, porém ainda estamos longe de saber a função de cada gene. E isso é importante saber, pois não necessariamente rastrear mais genes descartará mais riscos. O conhecimento e a utilidade clínica são dois pontos que precisam estar em harmonia em um painel de portadores. Por isso, a Igenomix desenvolve seus painéis a partir da tríade: GENE – FENÓTIPO – HERANÇA RECESSIVA OU LIGADA AO X. Observe o processo de triagem apresentado anteriormente: Estimamos que o genoma é composto de 40 a 50 mil genes, porém os genes que atualmente a ciência identificou uma aplicação clínica, são aqueles que codificam proteínas, que são aproximadamente 20 mil genes; um número arredondado. Desses hipotéticos 20 mil genes, sabemos apenas informação de doenças clinicamente reconhecidas em aproximadamente 5 mil casos. Dos restantes 15 mil, não sabemos os efeitos na saúde humana, portanto, tão pouco as consequências de suas mutações. A principal base de dados que realiza a ligação entre mutações genéticas e fenótipos é a OMIN. Atualmente esta base possui descrição de mais de 6.500 fenótipos. Os fenótipos podem ser desde um grupo sanguíneo, o que obviamente não é uma doença, ou ainda fenótipos que parecem doença, mas não dão lugar a doenças, tendências, como a susceptibilidade a câncer e finalmente, o que interessa aos painéis genéticos, que são os fenótipos de doenças mendelianas. Neste filtro, se consideramos apenas os fenótipos ligados a doenças monogênicas, ou seja, que afetam um único gene, estamos falando de cerca de 3.500 genes, que causam aproximadamente 5.000 fenótipos. Ao agregar o componente “herança” à relação entre fenótipos e genes, o objetivo é manter apenas os genes de herança recessiva ou ligada ao X no painel de portadores, que são as mutações que para provocar uma doença em um descendente precisa ser herdado por parte de pai e mãe, ou no caso das ligadas ao X, afetam de forma severa apenas os meninos. A tríade Gene, Fenótipo e Herança resulta atualmente em 1576 genes causadores de cerca de 1700 doenças genéticas caracterizadas. Este conjunto de genes é a máxima informação clínica que podemos empregar em um painel de portador e informar com confiança no rastreamento genético. O passo seguinte a esse resultado é comprovar o quanto um painel genético é confiável. Para tanto, ocorre um criterioso processo de validação onde são incorporadas um altíssimo número de amostras e comprovadas a eficácia de detecção das alterações quanto a confiança e sua sensibilidade. Por essa razão, a confiança da Igenomix acima da média do mercado com 99,7% das variantes acima do ponto de corte para identificar mutações genéticas de herança autossômica recessiva. As cifras do mercado costuma variar em porcentagens abaixo de 98%. Além disso, também somos capazes de identificar quando em um determinado paciente não foi alcançada a cobertura suficiente para algum gene e essa informação é reportada de maneira transparente.

Com a Igenomix é possível fazer upgrade entre opções de CGT

Por exemplo, quando um painel CGT Basic é realizado com a Igenomix, se por alguma razão é necessário ampliar o estudo às variantes contidas no CGT Bank ou CGT Plus, isso é possível sem necessidade de uma nova coleta de amostra. Esse update é realizado através da plataforma bioinformática da Igenomix.

O que fazer se existe um risco de doença genética para o descendente?

Quando um risco é identificado, é fundamental receber aconselhamento genético para o entendimento do risco para tomar medidas para prevenir a manifestação da doença antes da gravidez, como por exemplo o teste genético pré-implantacional PGT-M, que identifica o embrião livre da doença.